Javier Parrilla-Martínez hat Physik an der Universität Zaragoza studiert und sich dabei auf Biomasse und Biobrennstoffe spezialisiert. Anschließend führte er als Projektleiter in der Wirtschaft Studien zur Wärme-, Strom- und Kraftstofferzeugung aus Pflanzenölen durch.
Es folgten Anstellungen als Stipendiat an der Universität Cottbus mit der Ausrichtung auf Logistikansätze für holzartige Biomasse und als akademischer Mitarbeiter an der Universität Karlsruhe (KIT). Am KIT beschäftigte er sich mit der Durchführung von Energiesystemanalysen und der Entwicklung der Software BIOSPHERE, die die Wertschöpfungsketten biogener Rohstoffe optimiert.
Javier Parrilla-Martínez promovierte im Oktober 2018.